Στις 3 Σεπτεμβρίου η γυναίκα του τούρκου προξένου στη Θεσσαλονίκη κάλεσε έλληνα φωτογράφο και του ζήτησε να φωτογραφήσει τον περίβολο του Προξενείου, το οποίο στεγάζεται δίπλα σε παλιό σπίτι, στο οποίο φέρεται να γεννήθηκε ο Μουσταφά Κεμάλ, ιδρυτής του σύγχρονου τουρκικού κράτους. Τις φωτογραφίες τις ζήτησε ως «ενθύμιο», διότι την επομένη επρόκειτο να αναχωρήσει για την Τουρκία.

Τα μεσάνυχτα της 5ης προς 6η Σεπτεμβρίου εξερράγη βόμβα στον κήπο του τουρκικού Προξενείου, η οποία προκάλεσε μικρές μόνον ζημιές σε υαλοπίνακες στην παρακείμενη «οικία του Κεμάλ». Η βόμβα, όπως εξακριβώθηκε από τις έρευνες που διεξήγαγαν οι ελληνικές αρχές και όπως απεδείχθη αργότερα στη δίκη των πρωταιτίων των γεγονότων το 1961 στην νήσο Yassιada (Πλάτη), μεταφέρθηκε από την Τουρκία από Τούρκο πράκτορα (Έλληνα υπήκοο από την Κομοτηνή) και τοποθετήθηκε από τον Τούρκο κλητήρα του Προξενείου.

Στις 4:00 το απόγευμα η τουρκική εφημερίδα İstanbul Ekspres κυκλοφόρησε σε έκτακτη έκδοση και δημοσίευσε τις φωτογραφίες της συζύγου του Τούρκου Προξένου φρικτά παραποιημένες, εις τρόπον ώστε να δίδεται η εντύπωση ότι στο σπίτι του πατέρα των Τούρκων είχε σημειωθεί μια τεράστια έκρηξη από βόμβα που είχαν τοποθετήσει οι Έλληνες. Το γεγονός αυτό έδωσε το έναυσμα για την έναρξη των πρωτοφανούς αγριότητος οργανωμένων ανθελληνικών ταραχών στην Κωνσταντινούπολη, γνωστών με το όνομα «Σεπτεμβριανά του 1955».

Μόλις δόθηκε το σύνθημα, ο μαινόμενος τουρκικός όχλος ξεχύθηκε στους δρόμους της Πόλης και άρχισε να λεηλατεί κάθε τι το ελληνικό. Ασφαλώς, όμως, οι «αγανακτισμένοι» Τούρκοι πολίτες δεν έδρασαν αυθόρμητα. Το σχέδιο είχε σχεδιαστεί προσεκτικότατα και με απόλυτη μυστικότητα. Είναι χαρακτηριστικό ότι ενώ πολλοί απλοί Τούρκοι ασφαλώς δεν ενέκριναν τα όσα διεπράχθησαν εναντίον των Ελλήνων, εν τούτοις, ουδείς Τούρκος πρόδωσε λεπτομέρειες του σχεδίου σε Ρωμιό φίλο του, πλην ελαχίστων εξαιρέσεων, όπου γενικώς και αορίστως ανέφεραν για «κάτι άσχημο που επρόκειτο να συμβεί εκείνες τις ημέρες».

Το σχέδιο είχε άρτια οργανωθεί, αφού μέρες ή και εβδομάδες πριν στρατολογήθηκαν άτομα από τη Μικρά Ασία και την Ανατολική Θράκη – εκτός των Κωνσταντινουπολιτών Τούρκων, μεταφέρθηκαν με σιδηροδρόμους, ταξί, λεωφορεία και πλοία, εφοδιάστηκαν με ρόπαλα, αξίνες, λοστούς, βενζίνη, δυναμίτιδα, ενώ παρεσχέθη στους επίδοξους ταραχοποιούς τροφή και κατάλυμα για μία ή δύο ημέρες. Ακόμη συντάχθηκαν οι κατάλογοι των επικείμενων στόχων σε κάθε συνοικία και σημαδεύτηκαν την κατάλληλη στιγμή τα ελληνικά κτίρια. Τέλος, εκπαιδεύτηκαν οι αστυνομικοί και στρατιώτες με πολιτικά που θα ελάμβαναν μέρος στη λεηλασία και θα κατηύθυναν το πλήθος, ενώ αργότερα θα έπαιζαν τον ρόλο των ειρηνοποιών.

Σύμφωνα με δημοσίευμα της 12 Αυγούστου 2008 της εφημερίδας Radikal, τα γεγονότα που διαδραματίστηκαν στις 6-7 Σεπτεμβρίου 1955 εναντίον των Ελλήνων της Κωνσταντινούπολης είχαν οργανωθεί από το Γραφείο Ειδικού Πολέμου (Özel Harp Dairesi), το οποίο αποτελούσε τον μηχανισμό, που είχε στηθεί από το ΝΑΤΟ για την αποτροπή του κομμουνιστικού κινδύνου.

Οι πρώτες συγκεντρώσεις και ομιλίες ξεκίνησαν κατά τις 4:30 το απόγευμα, ενώ οι πρώτες ταραχές πρέπει να ξεκίνησαν γύρω στις 5:30. Φυσικά, η ώρα ενάρξεως των τουρκικών επιθέσεων ποίκιλλε από συνοικία σε συνοικία. Επιθέσεις εναντίον των Ελλήνων και των περιουσιών τους έλαβαν χώρα και στην ευρωπαϊκή και στην ασιατική πλευρά της Κωνσταντινουπόλεως, αλλά και στις νήσους Χάλκη και Πρίγκηπο, από Τούρκους που μεταφέρθηκαν εκεί με πλοιάρια.

Με στρατιωτική πειθαρχία κινούμενος, ο τουρκικός όχλος, ο οποίος ανερχόταν σε δεκάδες χιλιάδες άτομα, κινήθηκε κατά παντός ελληνικού στοιχείου. Μέσα σε περίπου 9 ώρες (διότι σε πολλά σημεία οι βανδαλισμοί συνεχίστηκαν και μετά την κήρυξη του στρατιωτικού νόμου μετά τα μεσάνυκτα) καταστράφηκαν ολοσχερώς 1.004 σπίτια, ενώ περίπου άλλα 2.500 υπέστησαν εκτεταμένες ζημιές. Καταστράφηκαν επίσης 4.348 καταστήματα, 27 φαρμακεία, 26 σχολεία, 5 πολιτιστικοί σύλλογοι, οι εγκαταστάσεις 3 εφημερίδων, 12 ξενοδοχεία, 11 κλινικές, 21 εργοστάσια, 110 ζαχαροπλαστεία και εστιατόρια, 73 εκκλησίες, ενώ συλήθηκαν πάρα πολλοί τάφοι σε 2 κοιμητήρια, καθώς και οι τάφοι των πατριαρχών στη Μονή Βαλουκλή.

Επίθεση δέχτηκαν και ένας μικρός αριθμός αρμενικών και εβραϊκών περιουσιών, ορισμένες αρμενικές εκκλησίες και μια εβραϊκή συναγωγή.

Τουλάχιστον 30 Έλληνες σκοτώθηκαν και εκατοντάδες άλλοι κακοποιήθηκαν βάναυσα. Σε περίπου 2.000 υπολογίζονται από τους κύκλους της ομογένειας οι βιασμοί, αν και επισήμως καταγγέλθηκαν μόνο 200.

Ιδιαίτερο μίσος επεδείχθη κατά των ιερωμένων, αφού πολλοί απ’ αυτούς ξυλοκοπήθηκαν αγριότατα, άλλοι γυμνώθηκαν και διαπομπεύθηκαν, εξαναγκαζόμενοι να φωνάζουν: «Η Κύπρος είναι τουρκική», ενώ υπάρχουν μαρτυρίες ότι σε κάποιο ιεροδιάκονο έγινε αναγκαστική περιτομή. Ο Επίσκοπος Παμφίλου Γεράσιμος και ο ηλικιωμένος μοναχός Χρύσανθος Μαντάς ξυλοκοπήθηκαν μέχρι θανάτου, ενώ ο Μητροπολίτης Ηλιουπόλεως Γεννάδιος παραφρόνησε από τους ξυλοδαρμούς και ύστερα από λίγο χρόνο απεβίωσε.