Κατά καιρούς αναπτύχθηκαν πολλές θεωρίες για την καταγωγή του σκύλου. Τα τελευταία χρόνια έχουν πραγματοποιηθεί πολλές γενετικές μελέτες οι οποίες καταρχάς συμφωνούν όλες στην προέλευση του σκύλου. Οπως φαίνεται ο σκύλος προέρχεται από την εξημέρωση λύκων. Ομως κάθε μελέτη υποδεικνύει διαφορετικές χρονικές περιόδους για το πότε συνέβη αυτό αλλά και διαφορετικές περιοχές σχετικά με το πού συνέβη. Κάποιοι ειδικοί τοποθετούν την εξημέρωση πριν από περίπου 20 χιλιάδες έτη ενώ άλλοι μιλούν για ενδείξεις εξημέρωσης πριν από περίπου 70 χιλιάδες έτη. Κάποιες μελέτες υποδεικνύουν ως τόπο καταγωγής των σκύλων την Ευρώπη, κάποιες άλλες τη Μέση Ανατολή και άλλες τη Νοτιοανατολική Ασία.
Η τελευταία σχετική μελέτη έγινε από ερευνητές του Πανεπιστημίου Stony Brook στην Νέα Υόρκη οι οποίοι μελέτησαν το DNA σκύλων ηλικίας από 4.700-7.000 ετών που εντοπίστηκαν σε αρχαιολογικούς χώρους σε Γερμανία και Ιρλανδία. Οπως αναφέρει σε δημοσίευμα του το BBC (http://www.bbc.com/news/science-environment-40638584) οι ερευνητές κατέληξαν και αυτοί στο συμπέρασμα ότι οι σκύλοι προέρχονται από λύκους. Με βάση τα ευρήματα οι ερευνητές εκτιμούν ότι η εμφάνιση των πρώτων σκύλων έγινε σε μια (άγνωστη) αλλά συγκεκριμένη τοποθεσία της Ευρώπης πριν από 20-40 χιλιάδες έτη. Μια από τις πιο δημοφιλείς θεωρίες αναφέρει ότι οι σκύλοι αποτελούν εξέλιξη δύο πληθυσμών λύκων που εξημερώθηκαν. Πληθυσμοί που ζούσαν όμως χιλιάδες χλμ μακριά ο ένας από τον άλλο και άρα υπήρξαν δύο ανεξάρτητες μεταξύ τους «πρώτες εμφανίσεις» του σκύλου στη Γη.
«Η διαδικασία εξημέρωσης του σκύλου ξεκίνησε όταν ένας πληθυσμός λύκων αποφάσισε να ακολουθεί τους κυνηγούς τροφοσυλλέκτες και να ζει κοντά στις κατασκηνώσεις τους για να τρώει τα αποφάγια τους. Επρόκειτο προφανώς για λύκους που ήταν λιγότεροι επιθετικοί από τους άλλους και μπορούσαν να τιθασεύουν τα ένστικτα τους για να έχουν αυτήν την συμπεριφορά. Αν και αρχικά οι άνθρωποι δεν είχαν κάποιο όφελος από αυτή την διαδικασία κάποια στιγμή άρχισαν να αναπτύσσουν κάποιου είδους συμβιωτική σχέση με αυτά τα ζώα τα οποία εξελίχθηκαν τελικά στους σκύλους που γνωρίζουμε σήμερα» αναφέρει ο Κρίσνα Βιραμάχ, μέλος της ερευνητικής ομάδας που δημοσιεύει την μελέτη της στην επιθεώρηση «Nature Communications». Οι ερευνητές υποστηρίζουν πώς όλα τα είδη σκύλων σε όλα τα μήκη και πλάτη του κόσμου κατάγονται από ευρωπαϊκούς πληθυσμούς ακόμη και σχετικά πρόσφατους.