Απάντηση στη μηνυτήρια αναφορά κατά του ιδρυτή της «Κιβωτού του Κόσμου», πατέρα Αντώνιου Παπανικολάου, για ρατσιστική συμπεριφορά έδωσε η οργάνωση διευκρινίζοντας ότι η επίμαχη επιστολή υπογράφεται από διοικητικά στελέχη της MKO και όχι από τον ιδρυτή.
Το Ελληνικό Παρατηρητήριο των Συμφωνιών του Ελσίνκι στο πλαίσιο του προγράμματος του Παρατηρητήριο Ρατσιστικών Εγκλημάτων κατέθεσε μηνυτήρια αναφορά κατά του πατέρα Αντωνίου, και άλλων δύο προσώπων, με αφορμή την αντίθεση της «Κιβωτού» στη δημιουργία Προαναχωρησιακού Κέντρου Κράτησης Αλλοδαπών προσφύγων και μεταναστών προσφύγων κοντά στις εγκαταστάσεις του Χωριού Παιδικής Προστασίας της Κιβωτού στο Αίπος της Χίου.
Η «Κιβωτός» σε επιστολή της προς το δημοτικό συμβούλιο της Χίου εξηγούσε ότι η δημιουργία ενός τέτοιου κέντρου «θέτει σε άμεσο κίνδυνο το Παιδικό Χωριό της Κιβωτού του Κόσμου».
Στην ανακοίνωση που εξέδωσε η «Κιβωτός» μετά την κατάθεση της αναφοράς, διευκρινίζει ότι η επιστολή που διαβάστηκε στο Δημοτικό Συμβούλιο Χίου υπογράφεται από τα διοικητικά στελέχη της δομής. Κάνει ακόμη λόγο για «διαστρέβλωση» των θέσεων της μέσα από δημοσιεύματα τα οποία «παρουσιάζουν μία διαφορετική πραγματικότητα για τις δράσεις της».
Η ανακοίνωσή της «Κιβωτού» επισημαίνει τα εξής:
«Η Κιβωτός του Κόσμου, στις δομές φιλοξενίας ανηλίκων έχει πρωταρχικό κριτήριο και νομική ευθύνη, την ασφάλεια των παιδιών, τόσο αυτών που απομακρύνθηκαν από το περιβάλλον τους, για να προστατευτούν, με την εντολή του εισαγγελέα, όσο και των ανηλίκων και ασυνόδευτων προσφυγόπουλων, των οποίων η ασφάλεια, αποτελεί το μοναδικό κριτήριο για οποιαδήποτε δράση ή ανακοίνωση στις οποίες προβαίνει.
Η Δομή του Παιδικού Χωριού της Χίου, στην οποία αναφέρονται τα δημοσιεύματα, έχει φιλοξενήσει περισσότερους από 200 ασυνόδευτους ανήλικους πρόσφυγες και μετανάστες, και τούτο το έπραξε κατά την αρχική περίοδο των έντονων προσφυγικών ροών (έτη 2015-17), όταν είχε μόλις ενσκήψει το πρόβλημα της φιλοξενίας των ανήλικων προσφυγόπουλων, και μάλιστα αυτοβούλως χωρίς να επιδιώξει οιαδήποτε δημοσιότητα και χωρίς να λάβει την παραμικρή βοήθεια.
Η επίμαχη επιστολή, κατετέθη προς τις αρμόδιες αρχές, προκειμένου να ληφθούν τα κατάλληλα μέτρα για την προστασία των ανήλικων ευπαθών ομάδων που φιλοξενεί. Κάποιες μεμονωμένες λέξεις και φράσεις των επίμαχων επιστολών, οι οποίες αναπαράγονται και δημιουργούν αρνητικές εντυπώσεις, έχουν μοναδικό στόχο να καταδείξουν στις αρμόδιες αρχές την ένταση του προβλήματος και να τονίσουν τους υπαρκτούς κινδύνους που εγκυμονούν οι αποφάσεις τους.
Λόγω ακριβώς της επικέντρωσής μας στο κοινωφελές έργο μας, δεν έχουμε την δυνατότητα να παρακολουθούμε και να απαντούμε άμεσα σε δημοσιεύματα, διότι μοναδικό μέλημά μας είναι η καθημερινή φροντίδα των παιδιών μας και των οικογενειών που στηρίζουμε.
Η επίμαχη επιστολή, συντάχθηκε και προσυπογράφηκε από την διοίκηση της Κιβωτού του Κόσμου Αιγαίου Νικόλαο Τάγαρη (διευθυντή) και Έλλη Παπαϊωάννου (εθελόντρια, διοικητικό στέλεχος) που έχει την ευθύνη για την ασφάλεια των ανηλίκων που φιλοξενούνται στην δομή της και όχι από τον πατέρα Αντώνιο προσωπικά.
Η διοίκηση της Κιβωτού του Κόσμου».