«Ο λόγος του ήταν νόμος! Είχε κυρίαρχο ρόλο και άποψη καθοριστική στην Οργάνωση ο πατέρας Αντώνιος»: αυτό ανέφερε η εισαγγελέας του Τριμελούς Πλημμελειοδικείου, η οποία ζήτησε την ενοχή του ιδρυτή της Κιβωτού του Κόσμου ως ηθικού αυτουργού σε συγκεκριμένες κακοποιητικές συμπεριφορές σε βάρος παιδιών που ζούσαν σε δομές της οργάνωσης στον Βόλο και την Χίο.
Ενοχή για συγκεκριμένες κατηγορίες σωματικών βλαβών ζήτησε η εισαγγελική λειτουργός και για τέσσερις από τους τους επτά κατηγορούμενους υπαλλήλους δομών της Κιβωτού, οι οποίοι δικάζονται ως οι φυσικοί αυτουργοί για πράξεις που φέρονται να τελέστηκαν στις δομές του Βόλου και της Χίου.
Η εισαγγελική λειτουργός σημείωσε ότι ο πατέρας Αντώνιος γνώριζε τι συνέβαινε στην οργάνωση, συμμετείχε ενεργά στις αποφάσεις αναφορικά με τις πράξεις των κατηγορουμένων πρώην εργαζομένων, οι οποίοι τιμωρούσαν αλλά και επιτίθονταν σωματικά στους φιλοξενούμενους ανήλικους.
Η εισαγγελέας, η αγόρευση της οποίας συνεχιζόταν επί ώρα, πρότεινε παράλληλα την απαλλαγή του κληρικού και των συγκατηγορουμένων του για αρκετές πράξεις. Στην πρότασή της εξειδίκευσε τις πράξεις για τις οποίες ζήτησε ενοχή, αλλά και εκείνες για τις οποίες έκρινε ότι δεν αποδείχθηκαν μετά βεβαιότητας, ζητώντας απαλλαγή λόγω αμφιβολιών.
Απαλλακτική ήταν η πρόταση για σειρά επιμέρους πράξεων για τις οποίες κατηγορήθηκαν, όπως για τις χειρωνακτικές αγροτικές εργασίες στις οποίες επιδίδονταν οι ανήλικοι τρόφιμοι στις δομές της Κιβωτού του Κόσμου.
Μετά από μακρά διαδικασία, που ξεπερνά τις 30 δικασίμους, η δίκη για όσα κατήγγειλαν παιδιά για βάναυσες συμπεριφορές που έχουν υποστεί, προχώρησε, τη Δευτέρα, στην εισαγγελική πρόταση για τους οκτώ κατηγορούμενους, τον ιδρυτή της ΜΚΟ και τους συγκατηγορουμένους τους: τρεις από χώρους στην Αθήνα, δύο από τον Βόλο και δύο από την Χίο. Η εισαγγελέας τόνισε πως οι συγκατηγορούμενοι του π. Αντώνιου «δεν ήταν απλοί εργαζόμενοι», αλλά επιτελικοί σε υψηλές θέσεις στην ιεραρχία της Κιβωτού.
Επικαλούμενη μαρτυρικές καταθέσεις, όπως αυτή της βοηθού Συνηγόρου του Πολίτη αλλά και άλλες, η εισαγγελέας τόνισε στην αγόρευσή της ότι ο ιερωμένος είχε ταυτιστεί με την Κιβωτό, της οποίας ήταν ιδρυτής και ότι το μοντέλο λειτουργίας της ήταν δικής του έμπνευσης. Ήταν, όπως επεσήμανε η εισαγγελική λειτουργός, «το πρόσωπο αναφοράς για τα παιδιά» και «είχε γνώση για ό,τι συνέβαινε σε κάθε σπίτι της οργάνωσης».
Αναφερόμενη στα παιδιά που ζουν σε δομές προστασίας ως εξαιρετικά «ευάλωτη ομάδα» και αναλύοντας το νομικό πλαίσιο προστασίας, βάσει της Σύμβασης για τα Δικαιώματα του παιδιού, η εισαγγελική λειτουργός εξέθεσε και ανέλυσε στο δικαστήριο τα περιστατικά της δικογραφίας, για τα οποία κρίνει ότι παιδιά έτυχαν σκληρών συμπεριφορών.