Ηταν δεδομένο ότι οι συγκεκριμένες δηλώσεις του Γιάννη Ραγκούση θα προκαλούσαν αντιδράσεις. Ο υποψήφιος για την ηγεσία του νέου φορέα της Κεντροαριστέρας, μίλησε στο περιοδικό της ΛΟΑΤΚΙ κοινότητας, «Antivirus» λέγοντας ότι έχει συναντήσει εκπροσώπους της Ελληνικής Ορθόδοξης Εκκλησίας οι οποίοι είναι ομοφυλόφιλοι.
Συγκεκριμένα ο κ. Ραγκούσης δήλωσε: «Για την Εκκλησία, είμαι απ’ αυτούς που πιστεύουν ότι και αυτή πρέπει να βγει μπροστά σ΄αυτόν τον αγώνα. Υποστηρικτικά. Γιατί αν θέλει να χτίσει μια σχέση εμπιστοσύνης με την κοινωνία, πρέπει να σταματήσει να υποκρίνεται. Προσωπικά, έχω συναντήσει εκπροσώπους της Ελληνικής Ορθόδοξης Εκκλησίας -σε ανώτατα κλιμάκια ακόμη και μητροπολίτες- οι οποίοι είναι ομοφυλόφιλοι και το κρύβουν. Τους αναγκάζουν και το κρύβουν. Επειδή, λοιπόν, ο σεξουαλικός προσανατολισμός δεν είναι επιλογή, είναι φύση, πρέπει η Ορθόδοξη Εκκλησία να σταματήσει την υποκρισία και να μπει μπροστά σ΄αυτή τη νέα εποχή που πρέπει να ξεκινήσει στην Ελλάδα. Αυτή είναι η πραγματικότητα, αυτή είναι η θέση μου».
Τα παραπάνω φαίνεται ότι δεν πέρασαν απαρατήρητα από την Εκκλησία της Ελλάδος που αποφάσισε να στραφεί κατά του κ. Ραγκούση.
Η Ιεραρχία της Ιεράς Συνόδου της Εκκλησίας της Ελλάδος αποφάσισε την Πέμπτη 5 Οκτωβρίου να στείλει εξώδικο στον πρώην υπουργό. Μέσα από το εξώδικό, η Εκκλησία της Ελλάδος ζητά από από τον κ. Ραγκούση να καταθέσει εντός πέντε ημερών στην Αρχιγραμματεία της Ιεράς Συνόδου της Εκκλησίας της Ελλάδος στοιχεία που αποδεικνύουν τους ισχυρισμούς του. Σε διαφορετική περίπτωση, όπως αναφέρει χαρακτηριστικά το εξώδικο «ο κ. Ραγκούσης θα υποστεί την ανάλογη δικαστική βάσανο».